In der Nacht zum 13. Juni 1996 erreichte der FRM eine Zahl von 500000 Megawattstunden - dies entspricht 163793 Betriebsstunden oder 6825 Tagen. Vierzig Jahre lang wurde der Garchinger Forschungsreaktor ohne Schäden an Personen oder Sachen problemlos betrieben. Und er ist weiterhin uneingeschränkt funktionstüchtig. Mancher jüngere Reaktor wie z.B. die Versuchsreaktoren FR2 in Karlsruhe und FRJ-1 in Jülich, der Forschungsreaktor FRF-2 in Frankfurt am Main oder der Schiffsreaktor des Forschungsschiffes NS "Otto Hahn" sind dagegen bereits früher abgeschaltet worden.¹⁶⁶

Nicht technische Schwierigkeiten, sondern gestiegene wissenschaftliche Anforderungen führten in den achtziger Jahren zur Planung eines Nachfolgers. Um Garching international mit an der Spitze zu halten, wird ein wesentlich höherer Neutronenfluß als beim alten Reaktor benötigt.

Bei einer fünfmal höheren Reaktorleistung (20 MW) wird die künftige Hochfluß-Neutronenquelle FRM-II einen 50mal höheren Neutronenfluß als der FRM ermöglichen.¹⁶⁷ Lediglich ein einziges, zylinderförmiges Uran-Silizid-Brennelement mit einem Außendurchmesser von 24 cm und einer Höhe von 70 cm bildet die Brennstoffzone; es enthält insgesamt ca. 8 kg Uran in hoher Anreicherung von 93%. In einem Wasserbecken mit ca. 5 m Innendurchmesser und ca. 12 m Tiefe wird im Bereich um die Strahlrohrnasen ein Moderatortank mit 2,5 m Durchmesser untergebracht. Die abschirmende Beckenwand wird aus Schwerbeton bestehen und eine Dicke von 1,5 m haben. Der Moderatortank wird mit "schwerem" Wasser gefüllt, das eine gute Bremswirkung für schnelle Neutronen besitzt, jedoch eine geringe Absorption von thermischen Neutronen aufweist.

Zur Kühlung des Brennelements und zur Abschirmung wird leichtes Wasser aus dem Reaktorbecken verwendet.

Ab 1981 entwickelte die TU München das Konzept für die Hochfluß-Neutronenquelle FRM-II, die die Zustimmung der Bayerischen Staatsregierung und des Bundesministeriums für Forschung und Technologie fand. Im August 1997 erteilte die Europäische Kommission ihre Zustimmung. Das Konzept des Brennelements unter Verwendung von hochangereichertem Uransilizid wurde erstmals 1981 in Argonne/USA öffentlich vorgestellt.

Das Raumordnungsverfahren wurde im Herbst 1993 positiv abgeschlossen. Ende Januar 1995 gab der Garchinger Gemeinderat seine Zustimmung zum baurechtlichen Teil im atomrechtlichen Genehmigungsverfahren. Nach Erteilung der ersten Teilgenehmigung am 4. April 1996, die bereits eine vorläufige positive Gesamtbeurteilung enthält, erfolgte der erste Spatenstich am 1. August 1996 unter reger Beteiligung von Politik, Wissenschaft, Wirtschaft und Öffentlichkeit. Zu den Gästen zählte neben vielen anderen der Bayerische Ministerpräsident Dr. Edmund Stoiber.