In der Literatur finden sich bisweilen Hinweise darauf, daß für den Forschungsreaktor zunächst ein Standort im Münchner Stadtgebiet vorgesehen gewesen sei, nämlich auf einem Gelände der Technischen Hochschule⁶⁶ bzw. des neuen Max-Planck-Institutes in Freimann in der Nähe des bekannten Biergartens "Aumeister".⁶⁷ Wahrscheinlich waren diese Standorte aber nie vorgesehen. Dr. Heisenberg, der das Projekt federführend seit Anfang der fünfziger Jahre vorantrieb, hatte schon Ende 1952 geschrieben, daß der beste Standort in der Nähe einer Stadt liege; wegen des Problems der Beseitigung gesundheitsgefährdender Abfälle solle der Reaktor jedoch nicht unmittelbar im Stadtgebiet erbaut werden, wenngleich dies technisch möglich sei.⁶⁸

Auch Professor Dr. Heinz Maier-Leibnitz wies darauf hin, daß in den USA Reaktoren in der Regel in mehreren Kilometern Abstand von Städten gebaut würden.⁶⁹ Hinzu kam, daß es im Münchner Stadtgebiet kaum mehr Platz für ein Reaktorgelände gab, das allein aufgrund von Strahlenschutzerwägungen einen bestimmten Flächenbedarf hatte. Die Stadt München war bereits früh in die Planungen der Staatsregierung involviert, im Umkreis der Landeshauptstadt ein Atomzentrum anzusiedeln. Der Münchner Stadtrat stimmte am 16. Februar 1954 bei nur elf Gegenstimmen einer Reaktoranlage vor den Toren der Stadt zu.

Weil damals noch der Bau von zwei Reaktoren im Raum München geplant wurde, sollten der Forschungsreaktor und der Versuchsreaktor für Energiegewinnung in direkter Nachbarschaft voneinander im Norden der Stadt entstehen.⁷⁰ Dort waren die Bodenverhältnisse günstig (tiefe feste Kiesschicht), und es gab genügend Grundwasser.⁷¹ Die Gegend galt als erdbebensicher und war nur gut 10 km vom vorgesehenen Standort des Max-Planck-Institutes in München-Freimann entfernt. Grundstücke bei Eching, Dietersheim und Garching wurden in Aussicht genommen.⁷²

Ursprünglich favorisierte man ein zwischen der Autobahn und der Freisinger Landstraße liegendes Gelände bei Dietersheim. Wegen zu großer Siedlungsnähe, der ungünstigen Lage der neu zu bauenden Autobahnausfahrt, des Fehlens eines Vorfluters zur Wärmeabgabe sowie der Ausweisung des Geländes zur Verwertung von Stadtabwässern nahm man aber von diesen Plänen Abstand.⁷³ Ein Gelände in direkter Nachbarschaft der Autobahn wurde wegen der Nähe zur Quellfassung für die Trinkwasserversorgung ebenfalls wieder verworfen.⁷⁴

Bei einer von der Obersten Baubehörde im Bayerischen Staatsministerium des Inneren veranlaßten Erkundungsfahrt am 14. Januar 1956 fiel die Wahl schließlich auf ein Gelände nördlich von Garching in den Isarauen.⁷⁵ Das Gelände lag 16 km nordnordöstlich von der Stadtmitte Münchens und 9 km vom nördlichen Stadtrand entfernt. Etwa 1,5 km nördlich des Geländes lag der Ort Dietersheim, 2,5 km südwestlich Garching und 4 km südlich Ismaning. Es umfaßte 50 ha; der Reaktor sollte 100 m von der Geländegrenze errichtet werden. Durch das Gelände floß der nordöstlich in die Isar mündende Garchinger Mühlbach. Professor Dr. Heinz Maier-Leibnitz setzte sich mit seiner Anschauung durch, auch nach dem Verzicht auf den Versuchsreaktor des Max-Planck-Institutes bei der ursprünglich avisierten Geländegröße zu bleiben, um genügend Raum für spätere Erweiterungen zu haben.⁷⁶

Der Garchinger Gemeinderat befürwortete die Abtretung gemeindeeigener Grundstücke am 16. Januar 1956 in einer außerordentlichen Sitzung einstimmig und ohne größere Diskussion.⁷⁷ Professor Dr. Heinz Maier-Leibnitz stimmte der Entscheidung mit Schreiben vom 3. Mai 1956 zu.⁷⁸ Als auch das Staatsministerium für Unterricht und Kultus am 8. Mai 1956 den Standort annahm, war die Entscheidung endgültig. Möglichst lange war der genaue Standort geheim gehalten worden, um Spekulationsgeschäfte zu verhindern.⁷⁹ Denn für diverse Teilflächen mußte auch in Privatbesitz befindliches Land aufgekauft bzw. enteignet werden. Angeboten wurden 1,00 DM/m2 für forstwirtschaftlich genutztes bzw. 1,50 DM/m2 für landwirtschaftlich genutztes Gelände. Ohne größere Schwierigkeiten und in schneller Frist wurden die Kauf- bzw. Enteignungsverfahren abgewickelt.

Diverse Widerstände waren zu überwinden. Der Verein Münchner Brauereien e.V. äußerte in einem Schreiben die Befürchtung, daß das Brauereigewerbe durch Verseuchung des Grundwassers und eine Schädigung des Hopfenwachstums in der nicht weit entfernten Hallertau mittelfristig geschädigt werden könne: "Für unser altes und für Stadt und Land so bedeutsames Gewerbe könnten die Folgen besonders schwerwiegend werden."⁸⁰ Die Nachbargemeinde Ismaning fürchtete um die radioaktive Verstrahlung ihrer Krautköpfe.⁸¹ Am hartnäckigsten setzte sich die Perutz Trockenplattenfabrik München GmbH zur Wehr, die in der Nähe eine Fertigungsstätte von lichtempfindlichen Platten unterhielt und Schädigungen auch durch geringe Mengen atomarer Strahlen befürchtete. Sie bezifferte den möglichen Schaden im Falle einer notwendigen Verlegung auf ca. 50 Mio. DM.⁸²

Professor Heisenberg versicherte Kultusminister Rucker, daß es bei Einhaltung der Vorsichtsmaßnahmen völlig ausgeschlossen sei, "daß die Errichtung eines Reaktors in der Nähe von München irgendeinen Einfluß, jetzt oder in Zukunft, auf die Herstellung des Bieres haben kann", da das Grundwasser erstens nicht verseucht sei und zweitens die Hopfenanbaugebiete nicht erreichen würde. Dies habe auch ein Gespräch mit Sir John Cockroft, dem Leiter der britischen Atomstation Harwell, bestätigt. Heisenberg räumte ein, daß lichtempfindliche fotografische Platten bereits durch sehr geringe Mengen atomarer Strahlung geschädigt werden könnten. Da sich die Fabrik jedoch in 20 km Entfernung befinde, sei keinerlei Schädigung zu befürchten.⁸³

Die Staatsregierung weigerte sich, allfällige Schadensersatzansprüche im voraus zuzusichern, sondern verwies auf die entsprechenden gesetzlichen Möglichkeiten. Während sich der Brauereiverband beruhigen ließ, blieb die Firma Perutz noch eine Weile hart. Im Februar 1957 versuchte sie die Legitimität des Baubeginns ohne vorheriges Bundesatomgesetz in Frage zu stellen⁸⁴; man verzichtete jedoch auf eine Klage.