Nach Unterzeichnung der "Pariser Verträge" begann ein Wettlauf der Standortbewerber für Atomreaktoren, insbesondere nachdem zunächst die Vorstellung vorherrschte, daß angesichts der Größe der Bundesrepublik Deutschland und ihres wissenschaftlichen und technischen Rückstandes ein einziges Atomzentrum ausreichend sei und die sinnvollste Lösung darstellen würde.³⁵ Die Bewerber versprachen sich von einem solchen Atomzentrum die Schaffung von Arbeitsplätzen und wesentliche Impulse für Wissenschaft, Wirtschaft und Industrie.
Als unabdingbare Voraussetzungen erachtete man folgende Standortfaktoren:

• Nachbarschaft einer Technischen Hochschule und Universität,
• Vorhandensein von Industrie in der Region,
• günstige Verkehrslage,
• ausreichende Grundwasserversorgung,
• Nähe von Uranvorkommen.

Als Leiter eines solchen Atomzentrums war der Kernphysiker und Nobelpreisträger Dr. Werner Heisenberg vorgesehen, der das einst in Berlin beheimatete Max-Planck-Institut für Kernphysik provisorisch in Göttingen etabliert hatte, jedoch einen Umzug plante. Heisenberg, der Bundeskanzler Adenauer in Atomfragen beriet, schwebte ein "Bundesatomlaboratorium" nach dem Vorbild des britischen Atomzentrums Harwell oder der US-amerikanischen Großforschungsanlage Brookhaven vor.³⁶ Insbesondere die Länder Bayern (Standort München) als auch Baden-Württemberg (Standort Karlsruhe) suchten Professor Heisenberg anzulocken. Auch Göttingen und das Ruhrgebiet waren zeitweise in der Diskussion, ohne allerdings ernsthaft in Betracht gezogen zu werden.

Gemäß einer Denkschrift von Dr. Willi Guthsmuths (1955), Staatssekretär im Bayerischen Wirtschaftsministerium, sollte die Errichtung von Reaktoren in drei Stadien verlaufen:³⁷

1. Forschungsreaktoren (für Forschungs- und Ausbildungszwecke),
2. Versuchsreaktoren (zur Erprobung von Leistungsreaktoren),
3. Leistungsreaktoren (für kommerzielle Produktion von Atomstrom)

In München plante man in einem ersten Schritt die Errichtung eines bis 5 Mio. DM teuren Forschungsreaktors der Technischen Hochschule München und eines bis 50 Mio. DM teuren, luft- oder wassergekühlten Versuchsreaktors der Max-Planck-Gesellschaft, die in enger räumlicher Nachbarschaft zueinander angesiedelt werden sollten.

Die Bayerische Staatsregierung war bestrebt, das Atomzentrum um jeden Preis nach München zu holen. Ministerpräsident Hoegner äußerte im Ministerrat, Karlsruhe dürfe München nicht "den Rang ablaufen"³⁸, und Kultusminister August Rucker (1900-1978) meinte, ein solches Atomzentrum sei "von entscheidender Bedeutung für Bayern als Kulturzentrum".³⁹ Bei diesen Bemühungen zogen alle involvierten Stellen (Staatskanzlei, Wirtschaftsministerium, Ministerium für Unterricht und Kultus, Stadt München) an einem Strang.⁴⁰ Andererseits genoß das Land Baden-Württemberg Sympathien bei Bundeswirtschafts- minister Professor Dr. Ludwig Erhard (1897-1977), der zugleich baden-württembergischer Bundestagsabgeordneter war, sowie bei diversen Industrievertretern in der Standortkommission. Auch Bundeskanzler Adenauer neigte anscheinend schon früh zu Karlsruhe.⁴¹ In Baden-Württemberg warnte man vor einer "Balkanisierung" der Bundesrepublik auf kerntechischem Gebiet und warb mit diesem Argument für ein zentrales Atomzentrum im Südweststaat.⁴² Bundesatomminister Strauß hatte sich hingegen für einen kerntechnischen Schwerpunkt München ausgesprochen⁴³ und hatte sich im Auftrag der Landesgruppe der CSU in diesem Sinne auch mit einem Schreiben an Bundeswirtschaftsminister Erhard gewandt.⁴⁴ Grundsätzlich befürwortete Strauß eine Föderalisierung der Kernforschung, die bei den Universitäten und Hochschulen der Länder respektive bei den Industrieunternehmen angesiedelt sein sollte. Eine Zentralisierung nach britischem Vorbild lehnte er ab.⁴⁵ Der Freistaat setzte zudem auf die Stimme Heisenbergs, der in der Standortkommission die größte Bedeutung zugemessen wurde. Heisenberg befürwortete aufgrund des Mangels an Fachleuten dezidiert die Schaffung eines Atomzentrums und hielt aufgrund der guten Standortfaktoren München für die beste Lösung. Persönliche Gründe mögen ebenfalls eine Rolle gespielt haben: Er war gebürtiger Münchner, liebte das Voralpenland⁴⁶ und besaß zudem in der bayerischen Landeshauptstadt bereits ein Haus.⁴⁷ Neben einem Versuchsreaktor für das Max-Planck-Institut und einem Forschungsreaktor für die Technische Hochschule dachte er mittelfristig, etwa um das Jahr 1959, auch an die Realisierung eines Leistungsreaktors bei München.