Die Bestrahlung von Materialien an einem Forschungsreaktor dient vielfältigen Aufgaben. Hierzu zählen u.a. die Herstellung radioaktiver Quellen für die Grundlagenforschung, die Aktivierung von Proben für die Neutronen-Aktivierungsanalyse sowie industrielle Anwendungen, wie die Produktion von Tracern für die chemische Industrie oder die Dotierung von Halbleitern und die Produktion von Radioisotopen für Radiopharmazeutika.
Aus diesem Grunde ist der FRM II mit einer Reihe von Bestrahlungseinrichtungen ausgestattet, die sowohl in Bezug auf die verfügbaren Probenvolumina als auch in Bezug auf die erreichbaren Neutronenfluenzen ein flexibles und breites Spektrum möglicher Anwendungen zulassen.

Grundsätzlich steht der Bestrahlungsdienst des FRM II allen Interessenten sowohl aus der Forschung als auch aus der Anwendung zur Verfügung. Voraussetzung für die Zulassung der Bestrahlung ist, dass der Besteller über eine gültige Umgangsgenehmigung für radioaktive Stoffe verfügt. Außerdem durchläuft jeder einzelne Bestrahlungsauftrag eine sicherheits- und handhabungstechnische Überprüfung, zu der u.a. auch eine Aktivierungsberechnung zählt.