Um eine standardisierte und portable Auswertung der Messdaten  gewährleisten zu können wird für die persistente Speicherung der Messdaten am FRM II das Standard-Neutronen-Datenformat NeXus eingesetzt.

NeXus basiert auf dem binären Datenformat HDF und umfasst drei Aspekte: Eine C API die das Lesen und Schreiben von NeXus Dateien ermöglicht, eine Reihe von vordefinierten standardisierten Elementen und Design-Vorschriften, und den Instrumentdefinitionen die ein Instrument mit Hilfe dieser Elemente beschreiben.