Reaktorbecken
Das Reaktorbecken umschließt den Moderatortank. In ihm befinden sich außerdem die heiße Quelle, kalte Quelle sowie zahlreiche Bestrahlungsanlagen. Auch der primäre Kühlkreislauf sowie die sekundären Abschaltstäbe und der Regelstab sind im Reaktorbecken untergebracht. Das Becken ist nach oben zur Reaktorhalle hin offen. Über eine fahrbare Brücke können Mitarbeiter mit Handhabungsgeräten in die Tiefe gelangen.
Das Wasser im Reaktorbecken wird bei Bedarf zu Wartungsarbeiten abgesenkt. Dazu wird ein Trenntor zwischen Reaktorbecken und Absetzbecken eingesetzt.
Absetzbecken

Im Absetzbecken, das sich an das Reaktorbecken anschließt, befinden sich 50 Abklingpositionen für verbrauchte Brennelemente. Auch die Siliziumkristalle (siehe Siliziumdotierung) können hier direkt nach der Bestrahlung in eigenen Abstellpositionen abklingen. Das Absetzbecken hat unter Wasser einen direkten Zugang zur Heißen Zelle, in der stark radioaktive Materialien, wie etwa die am FRM II bestrahlten Radioisotope sicher abgeschirmt verpackt werden können.