Der Erhalt der Umwelt und der pflegende Umgang mit knapper werdenden Ressourcen hat für die Wissenschaft in Bayern eine lange Tradition. Waren die Aufgaben in der Vergangenheit allerdings vorwiegend produktionstechnisch und ökonomisch bestimmt, stehen heute immer mehr ökologische Gesichtspunkte im Vordergrund. Es ist selbstverständlich, dass sich die Wissenschaft darum bemüht, überall dort, wo durch den Bau technischer Anlagen Eingriffe in die Natur geschehen, für einen angemessenen Ausgleich zu sorgen.
Ursprünglich waren als Ausgleichsfläche für den FRM-II bei einem Bewertungsfaktor von 2 ca. 4 ha gefordert. Erfreulicherweise konnte jedoch eine Fläche von 8,390 ha ca. einen Kilometer südlich des Forschungsgeländes als Ausgleich herangezogen werden, deren Eigentümer der Freistaat Bayern ist. Die Fläche grenzt direkt an den Isar-Auwald und liegt im Mündungsbereich des Garchinger Mühlbachs in die Gießen.
Die Broschüre "Tausendgüldenkraut und Schwalbenschwanz" gibt Informationen über Größe und Lage, Gestaltung, Floristische Bestandaufnahme in ausgewählten Bereichen der Ausgleichsfläche und deren Ergebnisse sowie eine Schmetterlings-erhebung.
Die Ausgleichsfläche unterteilt sich in unterschiedliche Gebiete: Uferstreifen an den Fließgewässern, Überflutungsmulde, Wiese, Aufforstung und der Aufforstung vorgelagerten Wiesen (Waldsaum).
Vor Beginn der Maßnahmen hatte man sich u.a. folgende Ziele gesetzt: Erhöhung der Strukturvielfalt, Ausgleich der Grasfluren, Aufforstung von Laub tragenden, einheimischen Strauch- und Baumarten, Anlage eines Rückzugshabitats für Tiere, selbständige, langsame Entwicklung von neu angelegten Flächen und damit die Vergrößerung der Heideflächen im Münchner Norden.
Für die Anlage des Ausgleichsfläche wurde Saatgut aus besten Quellen verwendet, wie z.B. verschiedene standortgerechte Wiesensamen und Mahdgut von der Dietersheimer Brenne. Es wurden heimische Laubhölzer gepflanzt.
Die Ausgleichsfläche des FRM-II hat sich im Sinne des Naturschutzes zu einem prächtigen Biotop entwickelt. Schon jetzt dient sie verschiedenen Wildarten als Rast- und Futterplatz. In den Trockenzonen hat sich ein artenreiches Vegetationsmosaik eingestellt. So sind seltene Pflanzenarten vertreten, bedrohte Schmetterlingsarten fliegen auf dem Gelände, die Überflutungsmulde ist mit Fröschen besiedelt und die Fließgewässer sind Einzugsgebiet eines Biberpaars geworden.
Daß dies innerhalb einer relativ kurzen Zeit von wenigen Jahren möglich war, soll den Anreiz geben, weitere ähnliche Ausgleichsflächen anzulegen.