Nach einer Abklingzeit von fast 2 Jahren seit Abschaltung des FRM im Juli 2000 wurden jetzt die letzten abgebrannten Brennelemente des FRM abtransportiert. Der Brennstoff war zuvor im FRM unter Aufsicht des Staatsministeriums für Landesentwicklung und Umweltfragen (StMLU), des Landesamtes für Umweltschutz (LfU) und des TÜV-Süddeutschland in zwei GNS-16 Transportbehältern verpackt worden. Die Behälter wurden abschließend von einem EURATOM-Inspektor versiegelt. Nach umfangreichen Strahlenschutz-Kontrollen an den zwei Behältern und den sie umschließenden Containern konnten die zwei LKW unter Einhaltung der bundeseinheitlichen Sicherheitsvorschriften zum Straßentransport freigegeben werden. Die beiden Transportfahrzeuge verließen das FRM-Gelände am Montag, den 03. Juni 2002 unter Polizeibegleitung zur Fahrt über die A9 nach Norden, ohne das Stadtgebiet Garching zu durchqueren. Derzeit befindet sich der Sammeltransport auf See mit Ziel USA.
Damit ist der FRM nach fast 45 Jahren genehmigten Umgangs mit Kernbrennstoff frei von Brennelementen; ca. 10 solcher Brennelementtransporte haben in dieser Zeit routinemäßig stattgefunden. Die TU München wartet nun mit Ungeduld auf die Erteilung der neuen Genehmigung zum nuklearen Betrieb des FRM-II.