Gegenüber der bisherigen Genehmigung haben sich teilweise Abwasserparameter geändert und es gibt zudem weniger Quellen. Diese Änderungen ergeben sich u. a. aus der über 10-jährigen Betriebserfahrung des FRM II und technischen Verbesserungen bei der Radiochemie und der Neutronenquelle. Im Laufe der Jahre wurde der Leistungsbetrieb einiger Anlagen wie der FRM (Atom-Ei) oder das Zyklotron eingestellt. Deren Abwasser wird zur Behandlung an die jeweiligen Anlagen übergeben, FRM an den FRM II bzw. Zyklotron an die Radiochemie. Weiter wurden durch Optimierung technischer Verfahren, z. B. Einsatz einer modernen Wasseraufbereitungsanlage zur Herstellung von vollentsalztem Wasser (Umkehrosmose) beim FRM II, konventionelle Abwässer erzeugt, die in das kommunale Abwassersystem eingeleitet werden dürfen. Insgesamt wird also weniger Abwasser in die Isar eingeleitet. Demzufolge verringert sich auch der Umfang der neu beantragten Gewässerbenutzung.