Das herausragende Ereignis für den FRM-II im Jahr 2004 war die erfolgreiche Inbetriebsetzung der Neutronenquelle, angefangen vom Erzeugen der ersten Neutronen im März 2004 bis zum Ende des ersten Brennelementzyklus im Oktober 2004.
Am 02. März 2004 wurde der FRM-II erstmals angefahren und lieferte bei niedriger Reaktorleistung durch Kernspaltung Neutronen. In den folgenden Monaten wurde die Reaktorleistung stufenweise erhöht. Innerhalb dieses Zeitraums wurden ca. 250 festgelegte Prüfungen durchgeführt, protokolliert und bewertet. Eine positive Bewertung war jeweils vor Beginn der nächsten Prüfung erforderlich. Am 10.05.2004 erreichte der FRM-II eine Leistung von 5 MW, am 09.07.2004 10 MW und schließlich am 24.08.2004 erstmals seine volle Leistung von 20 MW. Danach konnte der hohe Neutronenfluss bei voller Leistung über insgesamt 28 Tage an den wissenschaftlichen Instrumenten und an den Bestrahlungseinrichtungen genutzt werden. Am 21.10.2004 war das erste Brennelement nach einer Fahrzeit entsprechend 52 Volllasttagen abgebrannt und die nukleare Inbetriebsetzungsphase damit abgeschlossen. Während dieses ersten Brennelementzyklus konnten die reaktorphysikalischen Vorausberechnungen zum FRM-II durch Messungen voll bestätigt werden. Erste Messungen an den wissenschaftlichen Instrumenten zeigten, dass insbesondere die Intensität und Qualität der erzeugten Neutronenstrahlen exzellent ist.
Nach dem ersten Brennzyklus wurde das Brennelement ins Absetzbecken transportiert und mit einer Unterwasserkamera inspiziert. Es wurden keine Mängel festgestellt. Im Anschluss folgte eine umfangreiche Dokumentation und Berichterstattung über die nukleare Inbetriebsetzung sowie die abschließende Bearbeitung von Handbüchern und Festlegungen für den anstehenden Routinebetrieb mit Bewertung durch Gutachter und Behörde. Zur Zeit sind Wartungs- und Instandhaltungsarbeiten sowie Wiederkehrende Prüfungen im Gange. Dazu gehören der Rückbau von speziellen Messvorrichtungen der Inbetriebsetzung, weitere Verbesserungen in der Betriebsweise von Einrichtungen wie Kalte und Heiße Quelle sowie Arbeiten an Strahlrohren und Neutronenleitern. Weiterhin steht die Übergabe der Gesamtanlage von Siemens an die TUM an mit den erforderlichen umfangreichen Prozeduren, sowie die aufsichtliche Zustimmung des Staatsministeriums für Umwelt, Gesundheit und Verbraucherschutz für den Routinebetrieb.
All diese Tätigkeiten werden einige Wochen in Anspruch nehmen, bevor der Routinebetrieb mit dem Einsatz des zweiten Brennelements und einem 52 Tage Zyklus bei voller Leistung beginnen kann.
Am 09.06.2004 fand die offizielle Eröffnung des FRM-II durch den bayerischen Ministerpräsidenten in Anwesenheit von ca. 1000 geladenen Gästen statt. Der langjährige Projektleiter in der Planungsphase des FRM-II, Prof. K. Böning, und Herr Ministerialdirigent J. Großkreutz, welcher auf Seiten des Bayerischen Staatsministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst das Projekt begleitet hat, sind am 01.07.2004 in den Ruhestand getreten und wurden am 20.10.2004 im Rahmen eines Festkolloquiums verabschiedet. Am Tag der Offenen Tür, dem 23.10.2004, nahmen ca. 500 Besucher an den Führungen im FRM-II teil.
Das Bundesministerium für Forschung und Technologie sicherte am 30.6.2004 seine Beteiligung am Ausbau der wissenschaftlichen Nutzung des FRM-II für eine weitere Periode von 10 Jahren vertraglich zu. Am selben Tage wurde die Gründung einer Außenstation des Forschungszentrums Jülich zur wissenschaftlichen Nutzung des FRM-II vertraglich geregelt. Mittelfristig wird diese Außenstation das Engagement mehrerer Forschungszentren der Helmholtz Gesellschaft aufnehmen, die aus eigenen Mitteln eine erhebliche Anzahl von wissenschaftlichen Instrumenten am FRM-II aufbauen und für den allgemeinen Nutzerservice betreiben wird. Auch die Stadt Garching befürwortet dieses Vorhaben und hat am 01.12.2004 dem Bauantrag für ein kombiniertes Büro und Laborgebäude innerhalb des FRM-II Geländes einstimmig zugestimmt.
Die erste internationale Ausschreibung von Messzeiten im Oktober 2004 für 14 wissenschaftliche Instrumente des FRM-II zeigte außerordentlich hohe Resonanz. Die zur Verfügung stehenden Messzeiten waren zweifach überbucht. Noch im Dezember 2004 hat ein Gutachterausschuss hieraus die attraktivsten Experimentvorschläge ausgewählt und Messzeiten an Nutzer aus 6 Nationen für die nächsten zwei Strahlzeitzyklen verteilt.
Die Arbeiten am Industriellen Anwenderzentrum des FRM-II sind weitgehend abgeschlossen. Bereits im Frühjahr 2005 können die ersten industriellen Nutzer in das Gebäude einziehen.